Khu vực Makinohara ngày nay là một phần của tỉnh Tōtōmi cũ. Trong suốt thời kỳ Edo, thành phố Sagara là trung tâm của Sagara Domain. Trong cải cách địa chính của giai đoạn Meiji ban đầu vào ngày 1 tháng 4 năm 1889, khu vực Sagara được thành lập như một thị trấn trong quận Haibara.

Thành phố Makinohara hiện đại được thành lập vào ngày 11 tháng 10 năm 2005, từ sự sáp nhập của các thị trấn Haibara và Sagara (cả hai từ quận Haibara).